当社の使用範囲での提案・使い分けは以下にしています。
Hinemosはバージョンアップに費用がかかる（新規で作り直すならフリー）
国産なのでサポートを十分に受けたい場合はHinemosになる。JP1などでもよいが規模が拡大してから分散を進めるなどにあたってしっかりサポートを受けたい会社の選択になる。
JobSchedulerはAgentに並列ジョブさせるのに費用がかかる。外部のサービスを監視するとかでなく監視対象に入れ込んでいく社内システムであればJobSchedulerが想定される。
両者とも環境によってジョブがこけるなどのトラブルがつきものなので仮想環境でシングル構成にする場合はシビアな使い方にできないため、各サーバのCrontabやタスクスケジューラでの実行結果を拾いに行くような運用補佐を主にし、シビアな環境ではJP1などにしています。（ジョブコントローラの意義が薄くなりますが）
空き容量を確認するなどの性能・サービス・死活監視が別で既にしっかりしている環境で点検業務を減らしたりバックアップなどサーバごとに内容バラバラできれいなジョブチェーンにしにくいような環境程度であれば、ジョブコントローラで実行するより各サーバ内のバッチを監視システム側で吸収させるように結果を数値化し、ファイル出力するなどの変更にすることが多いです。